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第二届基于质谱的蛋白质鉴定及定量分析Mascot高级培训班
上传时间:2016-06-13 14:33:11
主办单位: 上海康昱盛信息科技有限公司
时  间: 2011年9月26-28日
地  点: 苏州工业园区苏州大学新校区内
收费标准: 2200-3500
规模人数: 不限
主 讲 人: 沈诚频 博士
为了更好地普及和推广蛋白质组学领域软件分析手段的原理和方法,作为提供国际最先进生命科学信息学软件和解决方案的康昱盛科技有限公司,联合国际领先的Matrix Science公司、Proteome Software公司,以及Nonlinear Dynamics公司共同举办第二届基于质谱的蛋白质鉴定及定量分析方法高级培训班。本次培训班在全面介绍蛋白质组学中的图像数据处理、蛋白质数据库检索、基于各种标记及非标记定量技术的分析方法、结果分析等理论和背景知识,还将利用蛋白质谱数据库查询及定量软件Mascot、蛋白质谱鉴定评估软件Scaffold,以及LC-MS非标记定量软件工具Progenesis LC-MS等系列世界先进的软件工具,展示这些技术在蛋白质组学领域的应用及实例。培训将重点介绍针对蛋白质谱数据的分析处理方法和统计方法,另外还将介绍蛋白质组学后期的生物通路分析和分子机理分析,以及药物耙标的筛选和蛋白质活性位点分析等。培训时间为2011年9月26日-28日,地点为苏州工业园区苏州大学新校区内,具体乘车路线以及食宿建议请参考附件;中英文授课,以中文为主;培训面向广大利用蛋白质组学方法从事生命科学研究的科研机构和实体,欢迎广大科研同仁及在校学生报名参加!




日程安排


9月26日 2:00 – 5:00 PM

质谱数据分析研讨会主题报告

--Integrated solutions from Proteomics to Systems Biology (中文)

Jack Lin, CEO, CloudScientific Technology Ltd.


--Mascot Distiller 2.4: Quantitation of Very Large Datasets (英文)

David Creasy, Funder & Director, Matrix Science Ltd.


--Integrative transcriptome and proteome analysis of metastatic HCC cell lines

(中文)

Zhong Fan, PhD, Associate Professor, IBS, Fudan University


--How to significantly increase peptide ID coverage (英文)

Paul N Goulding, PhD, Distributor Manager, Nonlinear Dynamics Ltd.


9月27日 9:00 AM – 5:00 PM

基于质谱的蛋白质鉴定方法及工具学习

相关工具: Mascot Server, Scaffold, IPA


--背景介绍

搜索MS和MS/MS数据的三种途径

实践技巧

搜索失败的可能原因

--Mascot参数设置

深入介绍每个搜索参数

搜索技巧及通常可能的错误操作

设置默认参数

--序列数据库

如何选择数据库





--序列数据库管理


核苷酸数据库介绍

UniGene聚类

全基因组搜索


如何创建新的数据库

应用实例

自动更新


--蛋白质修饰修饰的类型

Unimod介绍

蛋白质的磷酸化

容错搜索


--打分方法及统计学寻找匹配的几种方法

基于概率的打分

如何理解结果报告

显著阈值分析

如何根据肽段寻找匹配的蛋白质


--Mascot Daemon批量自动化任务提交工具Daemon的安装和使用

任务的实时监控

                                     &am, p;nb, sp;   后续任务的跟进


--蛋白质鉴定的评估算法思想及理论基础

实例说明:如何评估多种不同的数据库搜索软件给出的不同鉴定结

                                      评估工具Scaffold功能介绍


--生物通路分析基于鉴定和定量的差异蛋白,进行Pathway和Function富集分析

Biomarker分析

基于差异蛋白进行生物网络的构建和分子机理分析


--练习及答疑


9月28日 9:00 AM – 5:00 PM

基于标记及非标记定量技术的数据分析方法及工具学习

相关工具: Mascot Distiller, Scaffold Q+, Progenesis LC-MS, IPA, MOE


--Mascot DistillerDistiller功能介绍

如何挑选谱峰

自动化搜索的实现

搜索结果的输入

序列标签分析

      从头(de novo)测序


--定量检测可实现的蛋白质定量检测方案

创建及修饰定量检测方法


--Scaffold Q+基于iTRAQ及TMT的定量数据分析

Scaffold Q+操作及功能学习


--LC-MS非标记定量如何进行图像的完美叠合,并寻找真正的差异点

统计分析及参数解释

从肽段的鉴定和定量到蛋白质的鉴定和定量

结果的验证


--耙标筛选和3D结构基于差异蛋白分析的生物通路分析,寻找可能的药物耙标

分析耙标蛋白的三级结构及活性位点

先导化合物的筛选


-- --练习及答疑



知识准备:参会者最好能具备一定的蛋白质相关的生物化学基础知识,并对蛋白质谱实验有一定了解。

课程资料将以打印文件的形式分发到参会者手中,若有做笔记的需要,请自带笔和本子。