BBrowserX Pro是一个用于分析单细胞 RNA 测序数据的一体化平台,专为没有编码经验的科学家设计。BBrowserX Pro建立在BBrowserX的强大基础之上,支持上传包含数百万个细胞的大型细胞图谱,并包含更先进的分析工具。
BBrowserX Pro支持上传超过数百万个细胞的大型数据集。支持以下数据格式:
AnnData object (.h5ad)
Seurat (.rds)
10x Genomics Cell Ranger (.mtx)
10x Genomics Cell Ranger (.h5)
Data table (.tsv/.csv)
Parse BioSciences
MuData object (.h5mu)
TileDB Soma
注释cluster对应的细胞类型,是单细胞RNA测序分析中一个重要但耗时的过程。BBrowserX Pro提供了一种名为MetaReference的半自动化注释方法。
MetaReference基于人工整理并构建的超过3000多个公共单细胞数据集作为细胞类型注释的参考数据库,支持基于marker基因的自动细胞类型注释。此外,对于每个cluster,您可以查看关键marker基因、研究摘要、出版物链接以及作者提供的细胞类型注释信息,从而仔细评估最终注释的有效性。此外,您还可以根据自己的数据集自动进行注释。
癌细胞预测
单细胞转录组测序数据集中通常包含正常细胞和癌细胞。因此,为了理解肿瘤生物学,有必要区分这两类细胞。BBrowserX Pro基于拷贝数变异(CNV)预测癌细胞,使用inferCNV方法,为癌症概率较高的细胞分配CNV分数(预测分数)。除了对癌细胞和正常细胞进行分类外,它还可以研究正常细胞如何逐渐转化为癌细胞。
细胞间通讯
细胞信号转导是一个高度复杂的细胞间和细胞内网络,在理解细胞周期激活、程序性细胞死亡、迁移和分化等各种细胞过程方面发挥着关键作用。BBrowserX Pro使用CellChat算法基于基因表达数据推断、分化和可视化通讯网络。
多模态可视化
BBrowserX Pro可以在单个t-SNE或UMAP上同时可视化多种模态的表达信息。它支持以下类型的数据:
Bioturing scRNA-seq software greatly accelerates and enables our research, through easy to use intuitive analytics, visualization and extensive database of curated and pre-processed experiments
Eugene Bolotin - Senior Bioinformatics Scientist, Kite Pharma
BBrowser allows biologists to handle scRNA-seq data without programming knowledge. Intuitive operation. Functions are updated. Public data can be imported. It is very helpful.
Researcher (Pharmacology), Chugai Pharmaceutical
Bioturing Browser is an intuitive and powerful software for exploration and visualization of scRNA-Seq data. Its fast and easy access to the vast amounts of curated datasets is very helpful for our drug discovery research.
Niv Sabath - Senior Scientist, Compugen
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