针对大规模单细胞数据集的分析平台
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产品介绍

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BBrowserX Pro是一个用于分析单细胞 RNA 测序数据的一体化平台,专为没有编码经验的科学家设计。BBrowserX Pro建立在BBrowserX的强大基础之上,支持上传包含数百万个细胞的大型细胞图谱,并包含更先进的分析工具。


支持多种文件格式

BBrowserX Pro支持上传超过数百万个细胞的大型数据集。支持以下数据格式:

  • AnnData object (.h5ad)

  • Seurat (.rds)

  • 10x Genomics Cell Ranger (.mtx)

  • 10x Genomics Cell Ranger (.h5)

  • Data table (.tsv/.csv)

  • Parse BioSciences

  • MuData object (.h5mu)

  • TileDB Soma

自动预测细胞类型

注释cluster对应的细胞类型,是单细胞RNA测序分析中一个重要但耗时的过程。BBrowserX Pro提供了一种名为MetaReference的半自动化注释方法。

MetaReference基于人工整理并构建的超过3000多个公共单细胞数据集作为细胞类型注释的参考数据库,支持基于marker基因的自动细胞类型注释。此外,对于每个cluster,您可以查看关键marker基因、研究摘要、出版物链接以及作者提供的细胞类型注释信息,从而仔细评估最终注释的有效性。此外,您还可以根据自己的数据集自动进行注释。

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  • 癌细胞预测

单细胞转录组测序数据集中通常包含正常细胞和癌细胞。因此,为了理解肿瘤生物学,有必要区分这两类细胞。BBrowserX Pro基于拷贝数变异(CNV)预测癌细胞,使用inferCNV方法,为癌症概率较高的细胞分配CNV分数(预测分数)。除了对癌细胞和正常细胞进行分类外,它还可以研究正常细胞如何逐渐转化为癌细胞。

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  • 细胞间通讯

细胞信号转导是一个高度复杂的细胞间和细胞内网络,在理解细胞周期激活、程序性细胞死亡、迁移和分化等各种细胞过程方面发挥着关键作用。BBrowserX Pro使用CellChat算法基于基因表达数据推断、分化和可视化通讯网络。

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  • 多模态可视化

BBrowserX Pro可以在单个t-SNE或UMAP上同时可视化多种模态的表达信息。它支持以下类型的数据:

用户感言

  • Bioturing scRNA-seq software greatly accelerates and enables our research, through easy to use intuitive analytics, visualization and extensive database of curated and pre-processed experiments

    Eugene Bolotin - Senior Bioinformatics Scientist, Kite Pharma

  • BBrowser allows biologists to handle scRNA-seq data without programming knowledge. Intuitive operation. Functions are updated. Public data can be imported. It is very helpful.

    Researcher (Pharmacology), Chugai Pharmaceutical

  • Bioturing Browser is an intuitive and powerful software for exploration and visualization of scRNA-Seq data. Its fast and easy access to the vast amounts of curated datasets is very helpful for our drug discovery research.

    Niv Sabath - Senior Scientist, Compugen

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